עובדי הוראה נדרשים להקפיד על כללי משמעת מסוימים במסגרת תפקידם. ככל שעובד הוראה הינו גם עובד מדינה חל עליו חוק שירות המדינה (משמעת). בין היתר, קובע אותו חוק כי "התנהגות שאינה הולמת את תפקידו כעובד מדינה" נחשבת לעבירת משמעת.

זהו סעיף "סל" תחתיו עשויים לחסות טענות שונות כגון – דיבור לא נאות לתלמיד או לקולגה, דיווח שגוי למערכת בדבר מספר תלמידים בכיתה, פעולה בניגוד עניינים ועוד. כמו כן, כל פעולה המבוצעת על ידי עובד מדינה בניגוד להוראות התקשי"ר (תקנון שירות המדינה) עשויה להיחשב אף היא כעבירת משמעת.

הפסיקה קבעה כי עובד מדינה אינו עובד מן השורה אלא שהוא דמות שהתנהגותה ורמתה המוסרית משמשת אמת מידה ודוגמא לציבור. לנוכח ההשפעה שיש לאנשי חינוך על תלמידים ובני נוער, נורמות ההגינות והאתיקה המצופות מעובדי הוראה גבוהות במיוחד (עש"מ 3666/06 אחמד חסן אסדי נ' נציבות שירות המדינה).

הטיפול בעבירות משמעת של עובדי הוראה נתון בידי מנהל מחוז, מנכ"ל משרד החינוך, נציבות שירות המדינה ובתי הדין למשמעת של עובדי מדינה. לכל אחד מהם נתונות סמכויות ספציפיות הקבועות בחוק.

למנהל מחוז נתונה הסמכות לזמן את עובד ההוראה ובכלל זה מנהל מוסד, לשימוע בפניו ובמקרים חמורים יותר, עשויה נציבות שירות המדינה לפעול להגשת כתב תובענה נגד עובד ההוראה לבית הדין למשמעת של עובדי מדינה.

יש לדעת כי סמכויותיו של מנהל מחוז מוגבלות ביותר ככל שהדבר נוגע לענייני משמעת. כך, בהתאם לסעיף 31 לחוק שירות המדינה (משמעת), סמכות מנהל מחוז בהתייחס לעבירות משמעת תחומה ומוגבלת לאמצעי ענישה של התראה או נזיפה, ואין הוא בעל סמכות לפטר עובד בשל עבירת משמעת.

לעומת זאת, הסנקציות המוענקות לבית הדין למשמעת רחבות הרבה יותר. כך, אם עובד מדינה מורשע בבית הדין בעקבות הודאתו או לנוכח פסק דין שניתן על ידי בית הדין, בית הדין בגזר הדין רשאי להטיל עליו בין היתר הורדה בדרגה או הקפאתה, הפקעת משכורת, העברה לתפקיד אחר, פיטורים או פסילה משירות המדינה.

בהתאם לחוק, רשאי מנהל מחוז להורות על השעייה דחופה של עובד במקרים בהם הדבר נצרך לפי שיקול דעתו. נציב שירות המדינה רשאי להורות על הארכת השעייתו של עובד בזמן שמתבררים הליכים משמעתיים או פליליים נגדו. כל זאת, בכפוף לשימוע. במקרה שעובד מדינה מושעה מתפקידו קובע חוק שירות המדינה (משמעת) כי תשתלם לו במשך חצי שנה חצי משכורת ולאחר מכן משכורת מלאה. זאת, במטרה לזרז את הגופים הרלוונטיים לברר את התיק בהקדם.

המשרד מעניק ייצוג בשימועים מול מנהלי מחוזות במשרד החינוך וכן ייצוג בבית הדין למשמעת.